Борьба четверки мутировавших черепашек и их друзей с преступностью в Нью-Йорке продолжается в комедийном боевике «Черепашки-ниндзя 2: Тайна изумрудного зелья». Как и прежде, Донателло, Леонардо, Микеланджело и Рафаэль обожают пиццу, остроумные шутки, а так же стоят на страже порядка любимого Нью-Йорка, в котором начало творится что-то непонятное.
В ходе журналистского расследования Эйприл снимает репортаж о компании, занимающейся очищением окружающей среды от химикатов, а так же берет интервью у профессора Джордана Пери. Вот только профессор сам обеспокоен мутацией, происходящей вокруг. Всему виной радиоактивное зелье, которое крадут из лаборатории профессора. За всем стоит давний враг черепашек — злобный и коварный Шреддер, у которого есть план по захвату города при помощи мутантов Токка и Разара.