В сюжете фантастического мультфильма «Супермен: Брэйниак атакует» Лекс Лютор все больше завидует тому, что популярность Супермена среди народа растет с каждым днем, так как его фигура остается незаметной, несмотря на миллиарды долларов потраченные на завоевание господства над миром. Лютор осознал, что сколько бы денег он не вкладывал в различные проекты, люди все равно преклоняются перед супергероями. Понимая это Лютор решает создать своего собственного супергероя, который защитит планету от нападений инопланетных чудовищ.
Для этого он заключает союз с компьютерным суперзлодеем Брэйниаком. Лютер поможет ему уничтожить Супермена взамен на разыгранный перед народом спектакль, где он сыграет роль спасителя Земли. Перепрограммировав Брэйниака Лютер создает более усовершенствованного суперзлодея. Сможет ли Супермен противостоять компьютерному гению, способному подчинить себе любые системы?