Аниме «Граница пустоты: Сад грешников (фильм третий)» продолжает рассказывать о приключениях сотрудников компании “Храм пустоты”, занимающихся расследованиями странных, загадочных дел, иногда связанных с паранормальными явлениями и магией. Как и прежде троица ведет образ жизни отшельников. Сики все так же нелюдима, Микия все так же повсюду следует за ней и не перестает ей симпатизировать, а Токо продолжает заниматься творчеством.
Когда же с подругой младшей сестры случается беда, то Микия не раздумывая решает помочь разобраться с этим запутанным делом. Серия загадочных убийств не является чьей-либо местью, но порождает очень много вопросов, ответы на которые Микия не может найти самостоятельно. Вместе с Сики и Токо он расследует дело, но истинный мотив преступлений и источник породивший зло на деле оказывается куда опасней…