Приключенческое аниме «Стальной алхимик: Завоеватель Шамбалы» является продолжением популярного сериала “Стальной алхимик” и рассказывает о мире будущего, в котором алхимия является точной наукой. Действия аниме происходят спустя два года после того, как Эдвард Элрик оказался в параллельном мире послевоенного Мюнхена, где живут обычные люди, а об алхимии практически никто ничего не знает, ее заменяют естественные науки. В этом мире Эдвард лишен своих способностей, друзей и родного брата Альфонсо, по которому он очень скучает.
Чтобы вернуться домой в свой Аместрис ему необходимо проделать большую работу, но в первую очередь найти возможный путь. Вместе с новым другом изобретателем Альфонсом Хайдерихом, Эдвард изучает физику и ракетную технику, которая, возможно, поможет вернуться домой. Но однажды Эдвард узнает о существовании мифической страны Шамбалы в которой якобы существует портал в другие миры. Это вселяет в него надежду и побуждает отправиться на поиски Шамбалы. Впереди Эдварда ждет множество опасных и увлекательных приключений!