В сюжете мистического триллера «Дело № 39» история работника социальной службы Эмили Дженкинс (Рене Зеллвегер), которая расследует дела о насилии детей в семьях. Так социальная служба отправляет Эмили в семью Салливанов, где родители подозреваются в жестоком обращении с дочерью.
В ходе общения Эмили замечает странность родителей, массивные замки на дверях, а десятилетняя девочка Лилит и вовсе измучена. Однажды ночью полиция арестовывает родителей, которые пытались убить дочь. Так Эмили закрыла дело № 39.
Она берет опеку над Лилит, перевозит жить к себе и отправляет девочку на занятия к опытному психологу. Однако, вскоре начинают происходить жуткие вещи, вокруг Эмили гибнут близкие люди, а девочка из ангела превращается в жестокого монстра.