Сюжет фильма «Муха 2» продолжает историю первого фильма и рассказывает о жизни молодого парня Мартина Брандла, который является сыном легендарного ученого Сета, ставшего в результате экспериментов другим существом. Мартин выглядит, как вполне обычный человек, но под обычной внешностью скрывается самое уникальное существо с необычными способностями. Ребенок рос быстрее обычных и в возрасте пяти лет личность Мартина полностью сформировалась, а его интеллектуальные способности гораздо выше, чем у образованного взрослого человека.
Мальчик стал настоящим гением и продолжил дело отца, проводя эксперименты по телепортации. За его жизнью постоянно ведется наблюдение учеными-докторами и даже в квартире повзрослевшего парня установлены камеры. Но долго почти нормально жить у Мартина не получится, мутация даст о себе знать и тогда ему предстоит пережить самую жуткую трансформацию, превратившись в муху.