В сюжете фантастического аниме «Евангелион 1.11: Ты (не) один» большая часть населения Земли погибло в результате ужасной катастрофы, получившей название “Второй Удар”. Долгие годы люди пытаются наладить жизнь, но им приходится жить в состоянии чрезвычайного положения. И вот однажды юный подросток Синдзи Икари становится свидетелем нападения на планету загадочных и ужасных существ, прозванных Ангелами, которые уничтожают все на своем пути и сеют разруху.
По зову отца Синдзи отправляется в отстроенный город-крепость Токио-3, где находится штаб-квартира секретной организации “Nerv”, созданная для защиты человечества. Для борьбы с Ангелами были разработаны новейшее сверхсекретное оружие в виде биороботов под названием “Евангелионы”. Одним из таких человекообразных биороботов предстоит управлять Синдзи. Парнишка до жути боится не справится с возложенной на него столь ответственной миссией, но когда атаки Ангелов продолжают разрушать штаб-квартиру “Nerv”, Синдзи приходится взяться за пилотирование Евангелиона.