Действия мистического детектива «Иная» начинаются в 1998 году в Японии. После отъезда отца на работу в Индию юный парень Коичи Сакакибара вынужден переехать жить из шумного Токио к родственникам в Ёмияму. Из-за серьезных осложнений со здоровьем парень сразу же попадает в больницу в тяжелом состоянии. Пока врачи откачивали Коичи ему приснился странный сон в котором он видел свою умершую мать. Оправившись после приступа Коичи проходит курс лечения в больнице, где встречает странную девушку с куклой.
Проследив за таинственной незнакомкой парень увидел, что она направляется в морг. Каково же было удивление Коичи, когда он увидел незнакомку в своем новом классе. Правда, на этом странности не закончились. Парень заметил, что одноклассники и учителя не обращают на девушку никакого внимания, словно ее не существует, но ведь он ее видит и может общаться…