Действия драматического фильма «Подпольное детство» разворачиваются в 1979 году в Аргентине. Родители маленького мальчика Хуана являются революционерами, выступающими в сопротивлении “Монтонерос” против военной диктатуры, которая захватила всласть в стране после свержения президента. Из-за подпольной деятельности родителей, готовых отдать свои жизни ради страны, страдает вся семья, в особенности Хуан, который уже начинает задаваться вопросами.
Вместе с родителями он вынужден бежать на Кубу, где семья живет в укрытии несколько лет. Спустя время семья возвращается в родную Аргентину, но под чужими именами. Теперь Хуана зовут Эрнесто, у него два дня рождения, новые друзья в школе и, можно сказать, новая жизнь. Правда, существующая опасность и определенные требования родителей все равно не дает подростку нормально существовать.