В сюжете криминального боевика «Американский ниндзя 4: Полное уничтожение» некая тайная арабская террористическая организация планирует нанести удар по самому популярному городу в США — Нью-Йорку. Этот город является не только красивым и интересным для туристов, но так же финансовым центром Америки, где сосредоточены самые крупные банки и финансовые компании. При помощи новой миниатюрной атомной бомбы, изготовленной в секретной лаборатории, террористы планируют совершить теракт.
Бороться с преступной группировкой отправляют специальный отряд, но армия супер подготовленных ниндзя, во главе с бывшим полковником армии США, с легкостью атакует отряд, а выживших берет в заложники. Спасать пленных ребят отправляется полицейский, владеющий восточными единоборствами, а так же американский ниндзя Джо Армстронг.