В сюжете приключенческого боевика «Миссия невыполнима: Протокол Фантом» главная достопримечательность России — Кремль был подорван неизвестными. Во взрыве обвиняется специальный отряд “Миссия невыполнима” во главе с агентом Итаном Хантом. Фактически такой теракт означает начало открытой войны между США и Россией. Правительство Америки принимает немедленные меры, президент инициирует “Протокол Фантом”, что повлекло полную ликвидацию спецподразделения.
Четверо агентов вынуждены действовать самостоятельно без прикрытия, без поддержки, а так же без возможности эвакуации, чтобы доказать свою непричастность к теракту и очистить свои добрые имена от клеветы. Миссия четверки состоит в том, чтобы по-тихому захватить одного таинственного человека, который располагает важной информацией, но пробраться к нему не так уж просто. Однако, трудности возникают внутри команды, ведь у каждого агента есть свои секреты, а истинные мотивы проведения операции до конца непонятны.