Действия аниме «Могила светлячков» разворачиваются в конце Второй мировой войны на территории Японии. В центре сюжета — история жизни и взаимоотношений четырнадцатилетнего мальчика Сэйта и его маленькой сестренки Сэцуко. В последние дни войны многие японские города были подвержены жестоким бомбардировкам, которые унесли жизни множества невинных людей.
В эпицентре хаоса и ужаса оказываются брат и сестра, ставшие сиротами за считанные секунды. Из-за войны они потеряли самых близких людей и теперь предоставлены сами себе. Будучи ребенком Сэйт вынужден повзрослеть и научиться быстро принимать важные решения, чтобы позаботиться о своей малышке-сестре, которая еще слишком мала для самостоятельной жизни. На плечи мальчика ложится тяжелый груз взрослой жизни, в которой нужно выживать, но и он еще совсем ребенок…