Сюжет сериала «Ликвидация» повествует о борьбе украинской повстанческой армии (УПА) против советской власти, которая многим была не по душе, но бороться готовы были лишь самые смелые. Действия сериала происходят в послевоенное время в 1946 году, в Одессе. После радости от победы во Второй мировой, настали тяжелые времена для советских граждан.
Полу-разгромленные города, обедневшее население, разгул преступности. В городе правит банда диверсантов во главе с неизвестной, таинственной личность по прозвищу Академик. Конспирация привела к тому, что Академика никто не знает, даже члены банды, так сказать “свои”, однако, это дает большое преимущество. Члены банды сотрудничают с бандеровцами и поставляют им краденное оружие и продовольствие с военных складов.
Для наведения порядка, товарищ Сталин отправляет в Одессу маршала Жукова, который направляет все силы на поиски и ликвидацию преступной группировки. Однако, советская власть не учла, что люди Академика есть везде, даже в уголовном розыске. Маршалу Жукову и начальнику уголовного розыска Гоцману придется придумать хитрый план, чтобы выйти на таинственного Академика.