Фантастический мультфильм «Черепашки-ниндзя» основан на серии комиксов и рассказывает об увлекательных приключениях четверки отважных бойцов-черепашек: Леонардо, Донателло, Микеланджелло и Рафаэля, которые воспитывались приемным отцом и мастером восточных единоборств Сплинтером. Некогда дружная семья черепашек-ниндзя распалась после того, как Леонардо покинул город и отправился на поиски себя. В небольшом селении среди джунглей Южной Америки он помогает попавшим в беду людям и наказывает преступников.
В это же время его братья заняты кто чем, но никто не ведет борьбу со злом в родном Нью-Йорке. Встреча с давней знакомой Эйприл О’Нил побуждает Леонардо вернуться к братьям, чтобы общими усилиями навести порядок в городе, в котором Макс Уинтерс выпустил армию древних монстров. Черепашки-ниндзя снова в деле, но смогут ли они победить бессмертных монстров?