В сюжете боевика «Приказано уничтожить» похищен и передан американским властям террорист мирового масштаба по имени Яффа. В это время его правая рука Наджи Хасан совершает захват самолета Боинга – 747, вылетающего их Афин. На борту самолета отряд террористов устанавливает мощную бомбу, а так же требует освободить их лидера Яффу, иначе 400 пассажиров и члены экипажа погибнут. Для перехвата самолете военными разрабатывается план по переправе отряда спецназа на борт Боинга-747 при помощи самолета-розведчика с выдвижным шлюзом.
Командует операцией подполковник Тревис, которому помогает доктор Грант – специалист по терроризму из Пентагона. Задача у ребят не простая – проникнуть на борт самолета на огромной высоте, обезвредить террористов, разминировать бомбу да еще и сделать это все незаметно и при полном отсутствии радиосвязи с землей. Ситуация сильно накаляется, когда министр обороны приказывает уничтожить самолет с бомбой на борту, способной уничтожить не один город.