Действия полнометражного анимационного фильма «Космический пират Харлок», снятого по мотивам одноименного аниме, разворачиваются в далеком будущем. В этом мире будущего человечество изобрело новые сверхмощные космические корабли, которые позволили совершать полеты к далеким планетам, в результате чего было создано огромное множество колоний. Но численность человеческой расы, превышающей 500 миллиардов, привела исчерпанию ресурсов Вселенной. Для человечества наступили трудные времена.
Выходом из сложившейся ситуации является возвращение на Землю. Однако, планета не способна вместить такое огромное количество жителей, поэтому за право жить на Земле началась жестокая война. Для разрешения войны была создана организация “Гала Санкция”, которая объявила планету неприкосновенной. Но один человек продолжал бороздить просторы Вселенной — бессмертный космический пират Харлок, который бросил вызов “Гала Санкции”.