Действия аниме-фильма «Паприка» разворачиваются в недалеком будущем. Научный прогресс не стоит на месте, а мир наполняется новыми полезными открытиями, облегчающими жизнь. Выдающийся ученый Косаку Токита изобрел некое устройство — DC Mini, при помощи которого можно проникать в сны людей. Благодаря DC Mini врачи-психиатры смогли лучше узнать внутренний мир пациентов, что значительно помогает в лечении психических расстройств.
Новейшее изобретение находится на финальной стадии разработки, но доктор Ацуко Тиба втайне использует его, проникая в сны пациентов под видом юной рыжеволосой девушки по имени Паприка. Новинка заинтересовало не только ученых, ведь прибор помогает не только проникнуть в сознание, но так же изменить его. Неизвестными были похищены три прототипа устройства из научного института. Поисками занимаются все сотрудники, включая Паприку, которая способна путешествовать по миру снов. Однако, чем больше фантазий смешивается, тем сложнее различить где сон, а где реальность…