Действия аниме «За облаками» происходят в альтернативной реальности современного мира, в котором Советский Союз не распался и захватил остров Хоккайдо, а США оккупировало южную часть Японии. В центре сюжета красивая и романтичная история любви школьников Саюри и Хироки. Однажды, на границе зоны оккупации, двое друзей-старшеклассников Хироки и Такуя нашли разбитый самолет неподалеку от огромной башни, выстроенной Советским Союзом непонятно с какой целью.
Таинственная башня так заинтриговала подростков, что они решили починить самолет. Подрабатывая, ребята знакомятся с девушкой Саюри, которой очень нравится затея друзей о восстановлении самолета и вместе они мечтают взлететь на нем к вершинам этой башни, туда, где солнце видно за облаками. Проходит время, из школьников ребята превратились в студентов, каждый живет своей жизнью. Саюри внезапно пропала, а Хироки все еще вспоминает ее и видит в своих снах. Но однажды настает момент исполнения заветной мечты…