Фильм «Призрак в доспехах 2.0» является ремейком популярного аниме “Призрак в доспехах” и переносит зрителя в миру будущего, в котором технологические разработки достигли своего пика. Простые люди давно перестали быть уникальными, они все больше вживляют в свои тела нейронные имплантанты, а человеческое общество разбавилось роботами-киборгами, обладающими искусственным разумом. Но как и любые открытия, новые технологии привели к проблемам, главной из которых стали кибернетические махинации, совершаемые опытными хакерами.
Розыском самого опасного хакера Кукловода занимается специальная секретная группа под названием Девятый отдел, который находится под руководством министерства внутренних дел Японии. Двум киборгам Мотоко и Бато, а так же их коллеге-человеку Дайсукэ Арамаки предстоит найти и остановить преступника, но простое задание приводит к неожиданным находкам и догадкам.