В центре сюжета аниме «Граница пустоты: Сад грешников (фильм второй)» — знакомство главный героев, будущих друзей и коллег, которым предстоит работа в “Храме пустоты”. 16-летний парень Микия Кокуто переходит в старшую школу, где сразу же обращает внимание на странную и необщительную одноклассницу Сики Рёги, которая постоянно ходит в кимоно, даже в холодную зимнюю погоду. Девушка ни с кем не общается и всегда держится в стороне, тем самым показывая, что общение с одноклассниками ее не интересует.
Но Микия все же решается заговорить с ней и вскоре они становятся хорошими друзьями. Но именно в это время в городи происходят одно жестокое убийство за другим, а полиция не имеет никаких зацепок. Странные ужасные преступления без мотивов, на первый взгляд, вызывают интерес у Сики, а некоторые обстоятельства делают ее подозреваемой номер один. Однако Микия даже представить себе не мог, что его новая подруга не совсем обычный человек и занимается не совсем обычной работой, которая напрямую связана с убийствами.