Фантастический аниме-фильм «Призрак в доспехах 2: Невинность» продолжает рассказывать о мире будущего, в котором существуют как люди, так и современные киборги, наделенные искусственным интеллектом, а так же и о работе “Девятого отдела”, который занимается борьбой с компьютерными махинациями и кибер-преступностью. В центре сюжета — сотрудник Девятого отдела киборг Бато.
Вместе со своим коллегой-напарником Тогусой он занимается расследованием запутанного дела, связанного с убийством новейшими экспериментальными роботами-гиноидами своих владельцев. Но странное дело осложнено тем, что после преступления гиноиды совершают самоуничтожение. Данный факт вызывает очень много вопросов, главным из которых для киборгов является: Почему роботы совершили самоуничтожение, что их толкнуло на это и есть ли душа только у человека?