Комедийный боевик «Черепашки-ниндзя» является первым полнометражным фильмом, который снят по мотивам одноименных комиксов, и повествует о приключении четверки необычных, мутировавших ниндзя-черепашек. После того, как в нью-йоркскую канализацию упала колба с опасной радиоактивной сывороткой, обитатели канализации сильно мутировали. Некогда простые и маленькие черепашки превратились в человекоподобных гигантов с ясным мышлением.
Мутировавших подростков нашел и взял под опеку другой мутант, живущий в канализации, — крыса Сплинтер. Он назвал своих подопечных в честь итальянских деятелей искусства — Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло, а так же взялся обучать подопечных боевому искусству ниндзюцу. Озорные и непоседливые Черепашки-ниндзя начали вести борьбу с преступностью в городе, а знакомство с тележурналисткой Эйприл О’Нил и героем-одиночкой Кейси Джонсом, значительно улучшило работу команды.