Художественный фильм «Загадочная кожа» рассказывает о том, как пережитая в детстве травма может повлиять на дальнейшую судьбу на примере истории жизни двух молодых парней Брайана и Нила, живущих в небольшом городке штата Канзас. Восемнадцатилетний Нил Маккормик вырос в неблагополучной, бедной семье и стал геем, зарабатывающим на жизнь обслуживая местных гомосексуалистов. Нил раскрепощен, соблазнителен, любит секс и наслаждение, а в глазах своих друзей он настоящий героей-любовник.
В то же время, его ровесник Брайан является закомплексованным молодым человеком с большими проблемами с психическим и физическим здоровьем. С детства он панически боится темноты, у него часто идет кровь из носа, к тому же парень страдает энурезом и ночными кошмарами. Брайан испытывает отвращение к сексу, но не понимает по какой причине. С ранних лет он думает, что был похищен инопланетянами, которые ставили над ним опыты. Однако, история этих парней значительно хуже инопланетных гостей. Поиски истины приведут Нила и Брайана к жутким событиям детства.