В центре сюжета фильма «Желтоглазые крокодилы» — две совершенно разные по характеру и образу жизни сестры Жозефина и Ирис, которым предстоит объединить усилия для выполнения одного крайне важного дела. Будучи подростками девочки столкнулись с печальным фактом родительского развода, который сильно повлиял на дальнейшую жизнь обоих. Сестры никогда не были близки, а после смерти отца и периода взросления и вовсе пошли каждая своей дорогой.
Сорокалетняя Жозефина воспитывает двух дочерей-подростков, является доктором исторических наук и работает в центре научных исследований, где изучает средневековую Францию, а так же старается спасти свой брак, который разваливается на глазах. Ее сестра-красавица Ирис вышла замуж за состоятельного мужчину, не сильно обременена работой, ведет светский образ жизни и собирается написать средневековый роман. Однако, не обладая необходимыми историческими знаниями для написания книги, Ирис вынуждена просить помощи у Жозефины.