Действия художественного фильма «Призраки Гойи» происходят в XVIII веке в Испании, во времена правления короля Карла VI. В те времена его придворным живописцем был выдающийся художник Франциско Гойя. В разгар вернувшейся инквизиции, муза художника Инес была арестована.
Чтобы спасти девушку от страшных мук и освободить ее из заключения, Гойя обращается за помощью к влиятельному священнику отцу Лоренцо, портрет которого в это время писал. Однако, Инес освобождают спустя 15 лет заточения в стенах тюрьмы. Став уродливой и не вполне вменяемой, женщина некогда бывшая прекрасной Инес хранит тайну, которая изменит жизни героев.