Военная драма «Цветы войны» основана на реальных событиях, произошедших в 1937 году в китайском городе Нанкине во времена второй японо-китайской войны, когда были жестоко убиты около пятисот тысяч гражданских лиц. Под свист пуль и взрывы гранат, запуганные до смерти молодые девушки и женщины нашли укрытие в католическом соборе, где им не грозит опасность. В этом же соборе нашли укрытие элитные китайские проститутки из знаменитого борделя. Вскоре в собор прибывает американский гробовщик Джон, чтобы похоронить умершего священника-европейца.
Он оказывается единственным мужчиной, не считая подростка-служителя, на которого возлагают все надежды несчастные девушки. Вокруг война, жестокие убийства и смерть. Японские солдаты с изощренной жестокостью насилуют и убиваю женщин всех возрастов, закапывают живьем мирных жителей и даже отрезают им головы. Кажется, творящийся ужас никогда не прекратится. Джон — не солдат и не герой, но он придумывает хитроумный план по спасению измученных девушек. Для этого он одевает рясу и выдает себя за священника.