В сюжете драматического боевика «Меркурий в опасности» национальная служба безопасности США представила новую программную разработку под кодовым названием Меркурий. Программное обеспечение являет собой супер устойчивый, не поддающийся дешифровке шифровальный код безопасности, который не сможет прочитать даже самый лучший спецагент. Но девятилетний мальчик Саймон, страдающий аутизмом, спокойно разгадал секретный правительственный код в книжке с шарадами, где был зашифрован телефон службы безопасности.
Набрав номер штаб квартиры СБ, малыш совершил ужасную ошибку, которая поставит его жизнь под удар. Такие звонки моментально отслеживается агентами. В целях безопасности группа зачистки выезжает по месту, чтобы избавиться от угрозы, пусть это даже девятилетний ребенок, но он подвергает опасности многомиллионный проект Меркурий. Родителей Саймона убивают, но малыш успел надежно спрятаться. Расследованием двойного убийства занимается бывший агент ФБР Арт Джеффрис, который находит перепуганного Саймона и вступает в противостояние жестоким убийцам.