В сюжете фантастического фильма «Секретные материалы: Хочу верить» бывший агент ФБР Дана Скалли работает врачом в госпитале, а Фокс Малдер находится в бегах из-за выдвинутых в его адрес серьезных обвинений. В это же время происходят таинственные исчезновения людей. Единственной нитью, которая помогает расследовать эти запутанные дела является бывший священник-педофил Дзозеф Криссман, утверждающий, что видит, как происходят преступления.
Когда же происходит похищение сотрудницы ФБР, агент Мосли Драмми обращается за помощью к Скалли и обещает снять с Малдера все обвинения, если он поможет в расследовании этого дела. Хоть Малдер и подозревает ФБР в том, что это всего лишь ловушка, чтобы выманить его, но все же хочет верить в свою полезность. Старые напарники вновь воссоединяются для очередного расследования странного дела, связанного с паранормальными явлениями. Впереди их ждет распутывание клубка загадок и ответы на все те же вопросы, мучающие Малдера долгие годы.