В центре сюжета комедийного боевика «Тайная миссия» — история трех молодых секретных северокорейских агентов, которым на долю выпало очень важное и ответственное дело во вражеской стране. Для объединения Кореи в единое государство правительство Северной Кореи посылает своих лучших тайных агентов работать под прикрытием в Южную Корею. Так, секретные агенты должны жить как самые обычные люди.
Лейтенант Во Рю Ван вынужден выдавать себя за идиота по имени Бонг Дон-Гу, жить и работать в бедном районе Сеула, его коллега капитан отряда Ри Хо-Ранг вынужден притворяться музыкантом по имени Ким Мин-Су, и наконец самый юный шпион Ри Хо-Джин играет роль школьника. Всем троим приходится жить на вражеской территории в ожидании начала тайной миссии, после завершения которой можно будет вернуться домой, а пока парни собирают информации, попадают в разные переделки и свыкаются с жизнью в Южной Корее.