В сюжете фильма «Бэтмен навсегда» количество опасных преступников в Готэме увеличивается, у каждого свои мотивы, но главным является вражда с таинственным Бэтменом, личность которого злодеи мечтают разоблачить. Так альтер-эго бывшего окружного прокурора Готэма Харви Дента Двуликий, удерживает заложников с целью заманить Бэтмена в ловушку, а злой гений доктор Эдвард Нигма создает прибор для трансляции информации прямо в человеческий мозг.
Это изобретение не было одобрено и проект закрыли, а когда руководство компании узнало о продолжении работы Нигмы над разработками, его мгновенно уволили. Впечатлившись деяниями Двуликого, Нигма придумывает себе альтер-эго Загадочника и начинает вершить злодеяния. В борьбе Бэтмону со злыми гениями Готэма помогает молодой парень Дик Грейсон он же — Робин. Вместе им предстоит спасти очаровательного психиатра Чейс Меридиан, которую захватили Двуликий с Загадочником, но перед этим разгадать серию загадок.