Действия художественного фильма «Происхождение» разворачиваются в XIX веке в Англии и повествуют о жизни и работе великого натуралиста и путешественника Чарльза Дарвина. Сюжет фильма рассказывает о том, каким был ученый, погружает зрителя в его внутренний мир, помогает понять его эмоции, чувства, переживания. Чарльз был рожден и воспитан в религиозной семье, он так же взял в жены глубоко религиозную девушку Эмму.
Но после пятилетнего путешествия его вера в Бога сильно пошатнулась, ведь именно тогда он задумался о естественном отборе, что повлекло за собой написание знаменитого труда «Происхождение видов». Однако, работа над книгой и ее издательство сильно ухудшает отношения с любимой женой Эммой, которая не понимает и не принимает то, что идет против Бога.