Фантастическое аниме «Конец Евангелиона» является альтернативной концовкой популярного аниме-сериала Евангелион, который повествует о борьбе земной организации “Nerv” с таинственными Ангелами нападающими на человечество по средству разработанных биороботов, получивших название Евангелионы. Действия разворачиваются после битвы с Ангелами и победы над последним из них. Несмотря на победу человечество все равно не может успокоиться и начать мирную жизнь: жестокие войны продолжаются, вместе с тем принося еще больше бед, чем от борьбы с Ангелами.
Токио давно был уничтожен и был построен город-крепость Токио-3. Члены секретной организации “Seele” — заговорщики и жестокие манипуляторы, желающие осуществить проект совершенствования человечества, отдают приказ атаковать Токио-3, чтобы избавиться от пилотов Евангелионов. В это же время, смотря на весь хаос и ужас происходящего, главный герой — Синдзи Икари переосмысливает свою жизнь, что приводит его к духовному развитию и определенному заключению.