Продолжает рассказывать о приключениях говорящего мышонка Стюарта веселый фильм «Стюарт Литтл 2». Прошло немного времени, мышонок стал полноправным и любимым членом семьи Литтлов, он учится в школе, как и все дети, а так же играет в футбол и конструирует модели самолетиков. Но Стюарту не с кем играть, ведь его брат Джордж нашел друга – чернокожего мальчика Уилла, с которым проводит все свободное время. Тем временем Стюарт откровенно скучает, пока не знакомится с канарейкой по имени Маргало.
Стюарт и Моргало становятся лучшими друзьями, проводят много времени вместе и канарейка рассказывает маленький секрет о своем опекуне – злобном и жестоком Соколе, который заставляет ее заниматься воровством. Однажды канарейка внезапно исчезает. Стюарт Литтл подозревает в этом тираничного Сокола и вместе с котом Снежком отправляется на поиски своей подруги по огромному Нью-Йорку. Впереди друзей ждут невероятные приключения!