Остросюжетный боевик «Ниндзя 2» продолжает рассказывать о жизни американского парня Кейси Боумена, прошедшего подготовку и ставшего ниндзя. После событий первого фильма Кейси вернулся в Японию, где преподает ниндзюцу в Кога доздё. Он счастливо живет с Намико и с нетерпением ожидает рождение их первенца. Но спокойную жизнь Кейси нарушает нападение двух грабителей, требующих отдать дорогостоящий подарок купленный для Намико.
Кейси с легкостью разбирается с бандитами, но эта уличная разборка была лишь началом большой беды. Вернувшись однажды домой он обнаруживает тело жены, которая была жестоко убита. Несмотря на невыносимую боль утраты Кейси решает найти убийцу и отомстить, но перед этим ему предстоит проделать долгий путь и развязать клубок из тайн.