С некоторыми людьми иногда происходят необъяснимые вещи и не всегда наука и медицина может дать логическое объяснение происходящему. Именно с такой проблемой столкнулись герои фантастического фильма ужасов «Мрачные небеса» — обычная супружеская пара с двумя детьми. Как и множество американских жителей семья живет в простом доме в пригороде.
Жизнь идет своим чередом, но все сильно меняется после того, как в доме начали происходить странные вещи: беспричинно срабатывающая сигнализация, а так же выстроена в пирамиды посуда и продукты. К тому же младший сын Сэми начинает рассказывать родителям о присутствии какого-то неизвестного, но взрослые не слишком верят его словам. Ситуация накаляется после того, как в дом семьи врезается целая стая птиц, а на теле Сэми появляются странные знаки и отметины…