Действия драматической киноленты «Сомнение» разворачиваются в 1960-х годах ХХ века в Нью-Йорке. Католической церковной школой имени Святого Николая руководит суровая, требовательная и консервативная во всех вопросах сестра Элоиза Бовье. Однажды она замечает нечто странное в поведении отца Флинна, который служит священником в церкви при которой находится школа. Особенно ее настораживает и беспокоит общение отца Флинна с единственным темнокожим учеником Дональдом Миллером.
Страшное сомнение закралось в душе сестры Элоизы, она подозревает священника в растлении малолетнего ученика, но заявить об этом открыто не решается. Разговоры с матерью Дональда не принесли никаких результатов и тогда сестра Элоиза начинает тайную войну против извращенца, чтобы очистить имя школы. Однако, где проходит та грань глубокой веры и любви ко всем существам, а где начинается преступная связь?