Главными героями комедийно-приключенческого фильма «Миссия Дарвина» является несколько морских свинок и крот из самого лучшего элитного отряда спецназа, которые выполняют самые сложные правительственные задания. При очередном задании ребята не справляются, их отряд решают расформировать, а свинок и крота отправить в зоомагазин, где им предстоит выживать в естественных условиях. Теперь бывшему командиру отряда Дарвину, девушке-специалисту по боевым искусствам Хуарес, “мускулам” команды Бластеру, а так же компьютерному гению кроту Спеклзу придется знакомиться с обычными обитателями совместной клетки.
Их новыми знакомыми становятся ворчливый и вспыльчивый хомяк Баки, а так же длинношерстная морская свинка Харли. Но долго оставаться в этом странном месте команда не намерена, ребята разрабатывают план побега, после которого они приложат все усилия, чтобы остановить злого гения Леонарда Сейбера, собравшегося прибрать всю власть в мире к своим рукам.